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Faça uma exibição virtual com a AutoDock Vina no Deadline Cloud - Deadline Cloud

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Faça uma exibição virtual com a AutoDock Vina no Deadline Cloud

O pacote de tarefas virtual_screening_vina no GitHub site usa o Vina para rastrear grandes bibliotecas de compostos em AutoDock relação a uma proteína alvo. O pacote divide uma biblioteca composta em partes e as encaixa paralelamente em uma frota de trabalhadores, depois agrega e classifica os resultados por afinidade vinculativa.

O pipeline executa quatro etapas:

  1. PrepareReceptor— Converte a proteína PDB para o formato PDBQT com o Open Babel.

  2. SplitLibrary— Divide a biblioteca de compostos SDF em N blocos.

  3. DockCompounds— Executa N tarefas de encaixe paralelas (uma por bloco). Cada tarefa é idempotente e segura para preempção de pontos.

  4. ScoreAndRank— Agrega todos os resultados em um CSV classificado dos maiores sucessos.

O pacote requer uma frota gerenciada por serviços Linux x86_64 (recomendado pelo Spot), um ambiente de fila conda com from e Vina. openbabel conda-forge AutoDock Instale o Vina criando a receita Crie um pacote AutoDock Vina conda para o Deadline Cloud conda em seu canal S3 ou instalando o binário por meio de um script de configuração do host da frota.

Defina CompoundLibrary=chembl (padrão) para baixar e filtrar automaticamente moléculas semelhantes a medicamentos do ChEMBL no EMBL-EBI site ou forneça seu próprio arquivo SDF.

No job_bundles diretório, envie o trabalho:

deadline bundle submit virtual_screening_vina \
  -p "ReceptorPdb=receptor.pdb" \
  -p "CompoundLibrary=chembl" \
  -p "MaxCompounds=100000" \
  -p "CompoundsPerChunk=100" \
  -p "CenterX=-10.7" \
  -p "CenterY=12.4" \
  -p "CenterZ=68.8"

Para obter detalhes sobre a construção do pacote AutoDock Vina conda, consulteCrie um pacote AutoDock Vina conda para o Deadline Cloud.