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Aceleradores de tarefas em um HealthOmics definição de fluxo de trabalho

Na definição do fluxo de trabalho, você pode especificar opcionalmente a especificação do acelerador de GPU para uma tarefa. HealthOmics oferece suporte aos seguintes valores de especificação do acelerador, junto com os tipos de instância compatíveis:

Se você especificar um tipo de acelerador que ofereça suporte a vários tipos de instância, HealthOmics seleciona o tipo de instância com base na capacidade disponível. Se os dois tipos de instância estiverem disponíveis, HealthOmics dá preferência à instância de menor custo. A exceção é para o acelerador de tarefas nvidia-t4-a10g-l4, que dá preferência à instância de última geração disponível.

Para obter detalhes sobre os tipos de instância, consulte Accelerated-computing instâncias.

No exemplo a seguir, a definição do fluxo de trabalho especifica nvidia-l4 como o acelerador:

WDL

task my_task {
 runtime {
    ...
    acceleratorCount: 1
    acceleratorType: "nvidia-l4"
 }
 ...
}          

NextFlow

process my_task {
 ...
 accelerator 1, type: "nvidia-l4"
 ...
}          

CWL

cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
  ...
  cwltool:CUDARequirement:
      cudaDeviceCountMin: 1
      cudaComputeCapability: "nvidia-l4"
      cudaVersionMin: "1.0"
          

Configuração avançada de recursos

Você também pode configurar uma tarefa para reservar vários aceleradores em sua ordem de prioridade preferida usando o omicsResourceFallbackOrder diretiva. Essa diretiva está disponível para WDL e Nextflow. HealthOmics tenta cada perfil de acelerador na ordem que você define até que um seja bem-sucedido, incluindo um perfil de CPU final opcional.

Isso é útil nos seguintes cenários:

Para obter detalhes completos sobre omicsResourceFallbackOrder, incluindo referência de campo por perfil, regras de validação e exemplos completos de WDL e Nextflow, consulte Configuração avançada de recursos.