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Recursos de tarefas em uma definição de HealthOmics fluxo de trabalho - AWS HealthOmics

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Recursos de tarefas em uma definição de HealthOmics fluxo de trabalho

Na definição do fluxo de trabalho, defina o seguinte para cada tarefa:

HealthOmics fornece armazenamento de execução que todas as tarefas na execução podem acessar. Para obter mais informações, consulte Execute tipos de armazenamento em HealthOmics fluxos de trabalho.

WDL
task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
      disks: "100 GiB"                 # optional
   }
   ...
}

Para um fluxo de trabalho WDL, tente até duas novas HealthOmics tentativas para uma tarefa que falha devido a erros de serviço (a solicitação de API retorna um código de status HTTP 5XX). Para obter mais informações sobre novas tentativas de tarefas, consulteTentativas de tarefas.

Você pode desativar o comportamento de repetição especificando a seguinte configuração para a tarefa no arquivo de definição da WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}
NextFlow
process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   disk '100 GB'                       // optional
   ...
}
CWL
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes
        tmpdirMin: 102400 # 100 gibibytes expressed in mebibytes