HealthOmics requisitos de definição de fluxo de trabalho

As tarefas devem definir input/output parâmetros, repositórios de contêineres do Amazon ECR e especificações de tempo de execução, como alocação de memória ou CPU.

Verifique se suas funções do IAM têm as permissões necessárias.

Declare os arquivos de saída na definição do fluxo de trabalho. Para copiar arquivos de execução intermediários para o local de saída, declare-os como saídas do fluxo de trabalho.

Os locais de entrada e saída devem estar na mesma região do fluxo de trabalho.

HealthOmics as entradas do fluxo de trabalho de armazenamento devem estar em ACTIVE status. HealthOmics não importará entradas com um ARCHIVED status, fazendo com que o fluxo de trabalho falhe. Para obter informações sobre entradas de objetos do Amazon S3, consulte. HealthOmics entradas de execução

Um main local do fluxo de trabalho é opcional se o arquivo ZIP contiver uma única definição de fluxo de trabalho ou um arquivo chamado “principal”.

Antes de criar um fluxo de trabalho a partir do Amazon S3 ou de sua unidade local, crie um arquivo zip dos arquivos de definição do fluxo de trabalho e de quaisquer dependências, como subfluxos de trabalho.

Recomendamos que você declare os contêineres do Amazon ECR no fluxo de trabalho como parâmetros de entrada para validação das permissões do Amazon ECR.

/bin

As definições de fluxo de trabalho do Nextflow podem incluir uma pasta /bin com scripts executáveis. Esse caminho tem acesso somente para leitura e executável às tarefas. As tarefas que dependem desses scripts devem usar um contêiner criado com os intérpretes de script apropriados. A melhor prática é ligar diretamente para o intérprete. Por exemplo:

process my_bin_task {
   ...
   script:
      """
      python3 my_python_script.py
      """
}       
        

includeConfig

Nextflow-based as definições de fluxo de trabalho podem incluir arquivos nextflow.config que ajudam a abstrair definições de parâmetros ou processar perfis de recursos. Para oferecer suporte ao desenvolvimento e à execução de pipelines Nextflow em vários ambientes, use uma HealthOmics-specific configuração que você adiciona à configuração global usando a diretiva includeConfig. Para manter a portabilidade, configure o fluxo de trabalho para incluir o arquivo somente quando executado HealthOmics usando o código a seguir:

// at the end of the nextflow.config file
if ("$AWS_WORKFLOW_RUN") {
    includeConfig 'conf/omics.config'
}       

Reports

HealthOmics suporta o relatório de execução, cronograma, rastreamento e relatórios DAG do Nextflow. Configure cada relatório para escrever sua saída /mnt/workflow/output/ para HealthOmics exportá-lo para o local de saída do Amazon S3 da sua execução. Para obter mais informações, consulte Gere relatórios de execução do Nextflow.

Validação automática de sintaxe — Para WDL e Nextflow, HealthOmics executa linters integrados durante a criação do fluxo de trabalho. Para obter mais informações, consulte Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics.

Container image uri interpolation

HealthOmics permite que a propriedade dockerPull do DockerRequirement seja uma expressão javascript embutida. Por exemplo:

requirements:
  DockerRequirement:
    dockerPull: "$(inputs.container_image)"  

Isso permite que você especifique URIs de imagens de contêiner como parâmetros de entrada para o fluxo de trabalho.

Javascript expressions

As expressões Javascript devem ser strict mode compatíveis.

Operation process

HealthOmics não suporta processos de operação CWL.