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在 Deadline Cloud 上使用 bwa 和 bcftools 调用遗传变 - 截止日期云

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

在 Deadline Cloud 上使用 bwa 和 bcftools 调用遗传变

GitHub 网站上的 variant_calling_bwa 工作包发现了个体和参考基因组之间的遗传差异。它将排序读取与对齐bwa，调用变体bcftools，并将结果合并到一个 VCF 文件中。该管道在 Open Job Description 中重新实现了 AWS HealthOmics WDL 变体调用教程管道。

该捆绑包演示了延续到其他科学工作负载的模式：

  • 软件以 conda 包的形式从 bioconda 渠道交付，而不是内置在容器镜像中。

  • Fan-out 在两个不同的任务参数上：样本上的对齐散点，以及基因组区域上空的变体调用分散，收集时有合并步骤。

  • 作业环境可以验证每个会话中所有必需的工具是否处于开启PATH状态，如果缺少任何软件包和渠道，则会报告确切的软件包和渠道以进行配置。

该捆绑包需要一个带有 Linux 队列的农场、按该顺序设置频道的 conda 队列环境以及截止日期云 CLI。conda-forge bioconda下载示例数据（大约 950 KB），然后提交：

python sample_inputs/fetch_test_data.py
deadline bundle submit .

默认参数（2 个样本，4 个区域）生成 10 个任务。自述文件涵盖了自带队列、扩大区域列表以及制作分析将添加的步骤。有关其他生物科学示例，请参见在 Deadline Cloud 上使用 ESMFold 预测蛋白质结构在 Deadline Cloud 上运行 GROMACS 分子动力学模拟、和。在 Deadline Cloud 上与 AutoDock Vina 一起进行虚拟