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创建私有工作流程

使用 HealthOmics 控制台、 AWS CLI 命令或其中一个创建工作流程 AWS SDKs。

创建工作流程时，会为该工作流程 HealthOmics 分配一个通用唯一标识符 (UUID)。工作流程 UUID 是一个全局唯一标识符 (guid)，在工作流程和工作流程版本中都是唯一的。出于数据来源的目的，我们建议您使用工作流程 UUID 来唯一标识工作流程。

如果您的工作流程任务使用任何外部工具（可执行文件、库或脚本），则可以将这些工具构建到容器映像中。您可以通过以下选项来托管容器镜像：

创建工作流程时，您需要提供一个包含有关工作流、运行和任务的信息的工作流定义。 HealthOmics 可以将工作流程定义检索为存储在本地或 Amazon S3 存储桶中的.zip 档案，或者从支持的基于 Git 的存储库中检索。

使用控制台创建工作流程

使用 CLI 创建工作流程

如果您的工作流程文件和参数模板文件位于本地计算机上，则可以使用以下 CLI 命令创建工作流。

aws omics create-workflow  \
  --name "my_workflow"   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json 

该create-workflow操作返回以下响应：

{
  "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:....",
  "id": "1234567",
  "status": "CREATING",
  "tags": {
      "resourceArn": "arn:aws:omics:us-west-2:...."
  },
  "uuid": "64c9a39e-8302-cc45-0262-2ea7116d854f"
}   

创建工作流程时要使用的可选参数

创建工作流程时，您可以指定任何可选参数。有关语法的详细信息，请参阅 AWS HealthOmics API 参考CreateWorkflow中的。

指定工作流程定义 Amazon S3 位置

如果您的工作流程定义文件位于 Amazon S3 文件夹中，请使用definition-uri参数指定位置，如以下示例所示。如果您的账户不拥有 Amazon S3 存储桶，请提供所有者的 AWS 账户 ID。

aws omics create-workflow  \
  --name Test  \
  --definition-uri s3://omics-bucket/workflow-definition/  \
  --owner-id  123456789012 
    ... 

使用基于 Git 的存储库中的工作流程定义

要使用支持的基于 Git 的存储库中的工作流程定义，请在请求中使用definition-repository参数。请勿提供任何其他definition参数，因为如果请求包含多个输入源，则请求会失败。

该definition-respository参数包含以下字段：

在基于 Git 的存储库中指定工作流程定义时，请使用parameter-template-path来指定参数模板文件。如果您未提供此参数，则会在没有参数模板的情况下 HealthOmics 创建工作流程。

以下示例显示了与基于 Git 的私有存储库中的内容相关的参数：

aws omics create-workflow \
    --name custom-variant \
    --description "Custom variant calling pipeline" \
    --engine "WDL" \
    --definition-repository '{
            "connectionArn": "arn:aws:codeconnections:us-east-1:123456789012:connection/abcd1234-5678-90ab-cdef-1234567890ab",
            "fullRepositoryId": "myorg/my-genomics-workflows",
            "sourceReference": {
                "type": "BRANCH",            
                "value": "main"        
            },        
            "excludeFilePatterns": ["tests/**", "*.log"]   
      }' \
    --main "workflows/variant-calling/main.wdl" \
    --parameter-template-path "parameters/variant-calling-params.json" \
    --readme-path "docs/variant-calling-README.md" \
    --storage-type "DYNAMIC" \       

有关更多示例，请参阅博客文章《如何从 Git 中的内容创建 AWS HealthOmics 工作流程》。

指定自述文件

您可以使用以下参数之一来指定 README 文件的位置：

只能将自述路径与定义存储库结合使用。如果您未指定任何 README 参数，则会在存储库中 HealthOmics 导入根级 README.md 文件（如果存在）。

以下示例说明如何使用自述文件路径和自述文件URI指定自述文件位置。

# Using README from repository
aws omics create-workflow \
    --name "documented-workflow" \
    --definition-repository '...' \
    --readme-path "docs/workflow-guide.md"

# Using README from S3
aws omics create-workflow \
    --name "s3-readme-workflow" \
    --definition-repository '...' \
    --readme-uri "s3://my-bucket/workflow-docs/readme.md"

有关更多信息，请参阅 HealthOmics 工作流程自述文件。

指定main定义文件

如果您要包括多个工作流定义文件，请使用main参数为您的工作流程指定主定义文件。

aws omics create-workflow  \
  --name Test  \
  --main multi_workflow/workflow2.wdl  \
    ... 

指定运行存储类型

您可以指定默认的运行存储类型（动态或静态）和运行存储容量（静态存储所必需的）。有关运行存储类型的更多信息，请参阅在 HealthOmics 工作流程中运行存储类型。

aws omics create-workflow  \
  --name my_workflow   \
  --definition-zip fileb://my-definition.zip \
  --parameter-template file://my-parameter-template.json   \
  --storage-type 'STATIC'  \
  --storage-capacity 1200  \

指定 GPU 配置

使用 accelerators 参数创建在加速计算实例上运行的工作流程。以下示例说明如何使用该accelerators参数。您可以在工作流程定义中指定 GPU 配置。请参阅Accelerated-computing 实例。

aws omics create-workflow --name workflow name \
   --definition-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/GPUWorkflow.zip \
   --accelerators GPU  

配置直通缓存映射参数

如果您使用的是 Amazon ECR 直通缓存映射功能，则可以覆盖默认映射。有关容器设置参数的更多信息，请参阅私有工作流程的容器镜像。

在以下示例中，文件mappings.json包含以下内容：

{
    "registryMappings": [
        {
            "upstreamRegistryUrl": "registry-1.docker.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "docker-hub"
        },
        {
            "upstreamRegistryUrl": "quay.io",
            "ecrRepositoryPrefix": "quay",
            "accountId": "123412341234"
        },
        {

            "upstreamRegistryUrl": "public.ecr.aws",
            "ecrRepositoryPrefix": "ecr-public"
        }
    ],
    "imageMappings": [{
            "sourceImage": "docker.io/library/ubuntu:latest",
            "destinationImage": "healthomics-docker-2/custom/ubuntu:latest",
            "accountId": "123412341234"
        },
        {
            "sourceImage": "nvcr.io/nvidia/k8s/dcgm-exporter",
            "destinationImage": "healthomics-nvidia/k8s/dcgm-exporter"
        }
    ]
}       

在创建工作流命令中指定映射参数：

aws omics create-workflow  \
     ...
--container-registry-map-file file://mappings.json
    ... 

您也可以指定映射参数文件的 S3 位置：

aws omics create-workflow  \
     ...
--container-registry-map-uri s3://amzn-s3-demo-bucket1/test.zip
    ... 

使用 SDK 创建工作流程

您可以使用其中一个来创建工作流程 SDKs。以下示例展示了如何使用 Python 开发工具包创建工作流程

import boto3

omics = boto3.client('omics')

with open('definition.zip', 'rb') as f:
   definition = f.read()

response = omics.create_workflow(
   name='my_workflow',
   definitionZip=definition,
   parameterTemplate={ ... }
)