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开始跑步 HealthOmics

当你开始运行时，你可以指定为运行 HealthOmics 分配的资源。可供使用的设置如下：

使用控制台开始运行

开始运行向导有四个步骤：

开始跑步

步骤 1：指定运行细节

提供以下设置：

选择 “下一步” 继续执行步骤 2。

步骤 2：添加参数值

在此页面上，输入运行的参数值，或选择工作流程作者提供的预定义值。

当您选择 Nextflow 工作流程开始运行时，此步骤的顶部会显示 Nextflow 引擎设置和 Nextflow 配置文件的其他部分。有关这些设置（支持的值、行为和配置文件优先级）的完整详细信息，请参阅指定 NextfLOW 引擎设置。

运行参数值

提供运行参数。您可以上传 JSON 文件或手动输入值。JSON 文件包含每个输入参数的确切名称和该参数的值。

HealthOmics 支持以下 JSON 类型的参数值。

有关更多信息，请参阅HealthOmics 运行输入和管理运行参数大小。

选择 “下一步” 继续执行步骤 3。

第 3 步：添加运行组、运行缓存和标签

此页面上的所有设置都是可选的。

选择 “下一步” 继续执行步骤 4。

第 4 步：查看并开始运行

查看所有先前步骤中的运行配置。要修改设置，请选择相关步骤旁边的编辑。准备就绪后，选择 “开始运行” 。

使用 API 开始运行

使用 StartRun API 操作创建和开始运行。

开始基本跑步

以下示例指定了工作流 ID、服务角色和输出 URI。此示例将保留模式设置为REMOVE。有关保留模式的更多信息，请参阅运行时 HealthOmics 运行保留模式。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

作为响应，你会得到以下输出。uuid是运行所独有的，outputUri可以同时用于跟踪输出数据的写入位置。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

常用 API 选项

包括参数文件

如果工作流程的参数模板声明了任何必需的参数，则可以在开始工作流程运行时提供输入的本地 JSON 文件。JSON 文件包含每个输入参数的确切名称和该参数的值。

AWS CLI 通过添加到--parameters file://<input_file.json>您的start-run请求来引用中的输入 JSON 文件。有关更多信息，请参阅步骤 2：添加参数值和中支持参数值的 JSON 类型HealthOmics 运行输入。

提供请求 ID

您可以为每次跑步提供独requestId一无二的。请求 ID 是一个 HealthOmics 用于捕获重复请求的等性令牌。如果请求 ID 是先前运行的副本，则不会开始运行。

如果您使用基础设施（例如 Lambda 函数或步进函数）来协调运行启动，最佳做法是为每个请求提供一个唯一的请求 ID。 StartRun 这样可以确保如果您的基础架构无意中启动了已经启动的运行，则 HealthOmics 不会启动重复运行。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

选择工作流程版本

您可以为运行指定工作流程版本。如果您未指定版本，则使用默认工作流程版本 HealthOmics 开始运行。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

覆盖运行存储类型

您可以覆盖工作流程中设置的默认运行存储类型。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

启用临时存储

要为运行启用临时存储，请将开始运行LOCAL时设置--scratch-storage-mode为。 HealthOmics 为每个工作流程任务实例安装一个专用的本地存储卷。/tmp

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

要禁用特定运行的临时存储（例如，隔离故障），请设置为。--scratch-storage-mode SHARED

有关更多信息，请参阅 用于工作流程任务的临时存储 HealthOmics。

有关 Nextflow 引擎设置（引擎版本、配置文件、语法解析器），请参阅。指定 NextfLOW 引擎设置

指定 NextfLOW 引擎设置

对于 Nextflow 工作流程，您可以在 StartRun API 请求中传递engineSettings地图来控制引擎行为，而无需修改工作流程源代码。在控制台上，这些设置可在步骤 2：将参数值添加为单独的部分（针对 Nextflow 工作流程显示）中可用。

支持的密钥

Nextflow 引擎版本固定

您可以选择特定的 Nextflow 引擎版本来运行工作流程，从而实现跨引擎版本的受控迁移。运行时版本覆盖可确保即使工作流程定义通过其配置或配置文件指定版本，也优先使用您在运行时指定的引擎版本。这使您能够在多个引擎版本中测试同一个工作流程，而无需修改工作流程源代码。

支持的版本：22.04.0（或 22.04）、23.10.0（或 23.10）、24.10.8（或 24.10）、25.10.0（或 25.10）和 26.04.0（或 26.04）。接受完整版和短版格式。

API 和 CLI

在以下位置使用engineVersion密钥--engine-settings：

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

控制台

在中步骤 2：添加参数值，从 Nextflow 引擎设置部分的引擎版本下拉列表中选择版本。

NextfLOW 简介

Nextflow 配置文件是在您的工作流程中定义的一组名为执行设置。nextflow.config您可以在运行时激活一个或多个配置文件以应用特定环境的设置（例如开发、测试或生产），而无需修改工作流程源代码。

API 和 CLI

使用profile钥匙进入--engine-settings。将多个配置文件指定为以逗号分隔的列表：

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

控制台

在中步骤 2：添加参数值，Nextflow 配置文件部分显示在引擎设置下方。从 “选择配置文件” 下拉列表中选择一个或多个配置文件。控制台显示配置文件应用程序顺序。要删除配置文件，请选择其名称旁边的 ×。

个人资料申请顺序

当您指定多个配置文件时，应用程序顺序取决于 Nextflow 引擎版本和语法解析器：

配置优先级

Nextflow 按以下顺序解析参数，后面的层将覆盖之前的层：

VPC 联网

您可以在您的虚拟私有云 (VPC) 中运行工作流程，这样就可以访问公共互联网、跨区域流量以及与您的 VPC 中的资源进行通信。

要启用 VPC 网络，请：

有关更多信息，请参阅 将 HealthOmics 工作流程连接到 VPC。