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中的任务加速器 HealthOmics 工作流程定义 - AWS HealthOmics

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异,则一律以英文原文为准。

中的任务加速器 HealthOmics 工作流程定义

在工作流程定义中,您可以选择为任务指定 GPU 加速器规格。 HealthOmics 支持以下加速器规格值以及支持的实例类型:

加速器规格 Healthomics 实例类型
nvidia-tesla-t4 G4
nvidia-tesla-t4-a10g G4 和 G5
nvidia-tesla-a10g G5
nvidia-t4-a10g-l4 G4、G5 和 G6
nvidia-l4-a10g G5 和 G6
nvidia-l4 G6
nvidia-l40s G6e

如果您指定支持多种实例类型的加速器类型, HealthOmics 根据可用容量选择实例类型。如果两种实例类型都可用, HealthOmics 优先考虑成本较低的实例。nvidia-t4-a10g-l4 任务加速器是个例外,它优先考虑最新一代的可用实例。

有关实例类型的详细信息,请参阅 Accelerated-computing 实例。

在以下示例中,工作流定义指定 nvidia-l4 作为加速器:

WDL
task my_task { runtime { ... acceleratorCount: 1 acceleratorType: "nvidia-l4" } ... }
NextFlow
process my_task { ... accelerator 1, type: "nvidia-l4" ... }
CWL
cwlVersion: v1.2 class: CommandLineTool requirements: ... cwltool:CUDARequirement: cudaDeviceCountMin: 1 cudaComputeCapability: "nvidia-l4" cudaVersionMin: "1.0"

高级资源配置

您还可以将任务配置为使用您的首选优先级顺序预留多个加速器 omicsResourceFallbackOrder 指令。该指令可用于 WDL 和 Nextflow。 HealthOmics 按照您定义的顺序尝试每个加速器配置文件,直到一个成功为止,包括可选的最终 CPU 配置文件。

这在以下场景中很有用:

  • GPU 到 GPU 的后备模式 — 按优先顺序列出 GPU 类型(例如,尝试 nvidia-l40s 首先,然后回退到 nvidia-l4)。

  • GPU 到 CPU 的备用机制 — 添加结局 CPU-only 配置文件,因此即使该地区没有 GPU 容量,任务也能完成。

有关以下内容的完整详细信息 omicsResourceFallbackOrder,包括每个配置文件字段参考、验证规则以及完整的 WDL 和 Nextflow 示例,请参阅 高级资源配置。