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VPC 連線工作流程的網際網路存取

當您將 AWS HealthOmics 執行連線到 VPC 時，執行只能存取該 VPC 中可用的資源。若要授予公有網際網路或 VPC 外部 AWS 服務的執行存取權，您必須使用適當的聯網資源來設定 VPC。

本主題說明如何設定 VPC，為 VPC 連線的執行提供網際網路存取和有效的 服務連線 AWS 。如需將執行連接到 VPC 的資訊，請參閱 將 HealthOmics 工作流程連線至 VPC。

設定具有網際網路存取的 VPC

若要讓您的 VPC 連線執行存取網際網路，請建立具有私有子網路的 VPC，透過 NAT 閘道路由傳出流量。

此組態提供：

支援的區域和可用區域

HealthOmics Workflows 會在下列區域和可用區域中運作。建立 VPC 時，請確定子網路位於一或多個可用區域。

當您建立 HealthOmics VPC 組態時，請指定私有子網路。執行會使用公有子網路中的 NAT 閘道來連接網際網路。

AWS 服務的 VPC 端點

您可以設定 VPC 端點以允許執行存取 AWS 服務，而無需周遊公有網際網路。這可提高安全性並降低資料傳輸成本。

下表列出 HealthOmics 執行的常用 VPC 端點：

NAT Gateway 需求

對於需要公有網際網路存取的執行：

安全群組組態

設定您的安全群組，以允許傳出流量傳送到您的執行需要存取的目的地：

下列範例顯示公有網際網路存取的安全群組規則：

路由表組態

確保您的私有子網路具有路由表項目，可將網際網路流量導向 NAT 閘道：

若要存取內部部署資源，請設定虛擬私有閘道或閘道的路由。

測試 VPC 連線

在執行生產工作流程之前，請確認您的 VPC 組態允許連線至所需的外部服務。

建立測試工作流程

建立簡單的工作流程，以測試與外部服務的連線。例如，建立嘗試 TCP 連線至目標服務端點的工作流程。

執行測試

aws omics start-run \
  --workflow-id test-workflow-id \
  --role-arn role-arn \
  --output-uri s3://bucket-name/test-outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name configuration-name \
  --parameters file://test-parameters.json

驗證結果

檢查工作流程輸出以確認連線成功：

{
  "connectivity_test.result": "Testing connection to external service...\nSUCCESS: Connection successful!\nTest completed"
}

如果測試失敗，請確認下列事項：

範例

使用 API 身分驗證存取 NCBI 資料

此範例示範如何使用具有身分驗證的 NCBI 資料集 API 存取 NCBI 資料。

若要取得 NCBI API 金鑰，請造訪 NCBI API 金鑰文件。

工作流程定義範例：

version 1.0
#WORKFLOW DEFINITION

# Meant to be used as integration test for public internet access via VPC tunnel
workflow TestFlow {
    input {
        String ncbi_api_url = "https://api.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/v2/gene/accession/NM_021803.4?api_key=<YOUR_API_KEY>"
    }

    call DataProcessTask{
        input:
            ncbi_api_url = ncbi_api_url,
    }

    output {
        File output_file = DataProcessTask.output_file
    }

}

#Task Definitions
task DataProcessTask {
    input {
        String ncbi_api_url
    }

    command <<<
        set -eu
        # Download file from NCBI Datasets API with API key
        curl -fsSL "~{ncbi_api_url}" -o gene_data.json

        # Add data processing task here
        cat gene_data.json > processed_data.json

        # Echo the content to output file
        cat processed_data.json > outfile.txt
    >>>

    output {
        File output_file = "outfile.txt"
    }
}

重點：

如需 NCBI API 金鑰和速率限制的詳細資訊，請參閱 NCBI 資料集 API 文件。

最佳實務