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將 HealthOmics 工作流程連線至 VPC

使用 Amazon Virtual Private Cloud (Amazon VPC)，您可以在您定義的私有虛擬網路中啟動 AWS 資源。您可以將執行設定為使用 VPC 網路模式，讓 HealthOmics 工作流程存取 VPC 中的資源。啟用 VPC 聯網時，如果您的 VPC 已設定網際網路存取，則您的執行可以存取 VPC 中的資源，並透過公有網際網路連線至外部資源。

何時使用 VPC 網路

當您的執行需要下列項目時，請使用 VPC 聯網：

聯網模式

HealthOmics Workflows 支援兩種聯網模式。根據預設，工作流程執行會以限制模式運作。您可以在啟動工作流程執行時，以每次執行為基礎啟用 VPC 聯網。

您可以在使用 StartRun API 中的 networkingMode 參數啟動工作流程執行時指定聯網模式。

開始使用

本節會引導您首次設定 HealthOmics 工作流程的 VPC 聯網。

先決條件

為 HealthOmics 工作流程設定 VPC 聯網之前，請確定您有下列項目：

步驟 1：建立或設定 VPC

建立具有私有子網路、安全群組和 NAT 閘道的 VPC （如果需要網際網路存取）。如需step-by-step說明，請參閱 VPC 連線工作流程的網際網路存取。

步驟 2：設定安全群組

建立安全群組，允許傳出流量傳送到您執行需要存取的目的地。設定安全群組，以僅允許遵循最低權限原則的最低必要傳出流量。

如需組態範例和詳細指引，請參閱 中的安全群組區段VPC 連線工作流程的網際網路存取。

步驟 3：驗證路由表

確保您的私有子網路具有路由至 NAT Gateway 以進行網際網路存取。如需路由表組態範例，請參閱 中的路由表區段VPC 連線工作流程的網際網路存取。

步驟 4：建立組態資源

建立 HealthOmics 組態資源，以定義您的 VPC 網路設定：

aws omics create-configuration \
  --name my-vpc-config \
  --description "VPC configuration for genomics workflows" \
  --run-configurations '{
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["sg-0123456789abcdef0"],
      "subnetIds": [
        "subnet-0a1b2c3d4e5f6g7h8",
        "subnet-1a2b3c4d5e6f7g8h9"
      ]
    }
  }' \
  --region us-west-2

佈建網路資源後，組態將從 轉換為 CREATING ACTIVE 狀態。這最多需要 15 分鐘。

步驟 5：使用 VPC 聯網啟動工作流程執行

一旦您的組態為 ACTIVE，請在啟用 VPC 聯網的情況下啟動工作流程執行：

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

步驟 6：驗證連線

監控您的工作流程執行，以確認其可存取所需的外部資源。檢查 CloudWatch Logs 中的工作流程日誌連線成功或失敗訊息。如需測試連線能力的詳細指引，請參閱 測試 VPC 連線。

VPC 要求

您的 VPC 必須符合下列要求：

子網路需求

安全群組要求

安全群組會控制執行的傳入和傳出流量。

網路界面需求

HealthOmics 會在您的 VPC 中佈建彈性網路介面 ENIs)，以將執行連線到您的網路。確保 AWS 您的帳戶有足夠的 ENI 容量 （預設限制：每個區域 5，000 ENIs)。

HealthOmics 建立的 ENIs 會加上下列標籤：

"TagSet": [
  {
    "Key": "Service",
    "Value": "HealthOmics"
  },
  {
    "Key": "eniType",
    "Value": "CUSTOMER"
  }
]

組態 APIs

HealthOmics APIs 來建立、管理和刪除 VPC 組態。您可以在多個工作流程執行中重複使用組態。

CreateConfiguration

使用 VPC 聯網設定建立新的組態資源。如需逐步範例說明，請參閱步驟 4：建立組態資源。

請求語法：

aws omics create-configuration \
  --name configuration-name \
  --description description \
  --run-configurations '{"vpcConfig":{"securityGroupIds":["security-group-id"],"subnetIds":["subnet-id"]}}' \
  --tags Key=key,Value=value \
  --region region

參數：

回應：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "CREATING",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

組態狀態值：

GetConfiguration

擷取特定組態的詳細資訊。

請求語法：

aws omics get-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

回應：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
  "uuid": "configuration-uuid",
  "name": "configuration-name",
  "runConfigurations": {
    "vpcConfig": {
      "securityGroupIds": ["security-group-id"],
      "subnetIds": ["subnet-id"],
      "vpcId": "vpc-id"
    }
  },
  "status": "ACTIVE",
  "creationTime": "timestamp",
  "tags": {}
}

ListConfigurations

列出您帳戶中的所有組態。

請求語法：

aws omics list-configurations \
  --region region

回應：

{
  "items": [
    {
      "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
      "name": "configuration-name",
      "description": "description",
      "status": "ACTIVE",
      "creationTime": "timestamp"
    }
  ]
}

DeleteConfiguration

刪除組態。您無法刪除作用中工作流程執行目前正在使用的組態。

請求語法：

aws omics delete-configuration \
  --name configuration-name \
  --region region

使用 VPC 網路執行工作流程

使用 VPC 聯網開始執行

若要在工作流程執行中使用 VPC 聯網，請指定 networking-mode 參數和 configuration-name：

aws omics start-run \
  --workflow-id 1234567 \
  --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsWorkflowRole \
  --output-uri s3://my-bucket/outputs/ \
  --networking-mode VPC \
  --configuration-name my-vpc-config \
  --region us-west-2

參數：

檢視執行網路組態

使用 GetRun 檢視執行的聯網組態：

aws omics get-run \
  --id run-id \
  --region region

回應包含聯網模式、組態詳細資訊和 VPC 組態。下列範例顯示回應中的 VPC 相關欄位：

{
  "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:run/run-id",
  "id": "run-id",
  "status": "status",
  "workflowId": "workflow-id",
  "networkingMode": "VPC",
  "configuration": {
    "name": "configuration-name",
    "arn": "arn:aws:omics:region:account-id:configuration/configuration-name",
    "uuid": "configuration-uuid"
  },
  "vpcConfig": {
    "subnets": ["subnet-id-1", "subnet-id-2"],
    "securityGroupIds": ["security-group-id"],
    "vpcId": "vpc-id"
  }
}

組態不可變性

工作流程使用組態的快照，因為它在執行開始時就存在。您可以在執行期間安全地修改或刪除組態，而不會影響作用中的執行。

呼叫快取考量事項

搭配呼叫快取使用 VPC 聯網時，請確定您的工作流程引擎已正確設定。如需每個引擎呼叫快取的詳細指引，請參閱 引擎特定的快取功能。

最佳實務

安全

效能

成本最佳化

可運作

VPC 網路配額

下表列出 VPC 聯網組態的配額：

若要請求增加配額，請開啟 Service Quotas 主控台、選擇AWS 服務、搜尋 AWS HealthOmics、選取您要增加的配額，然後選擇請求增加配額。配額增加請求通常會在 1-2 個工作天內處理。