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Workflow-Definitionen lokal validieren
Sie können eine Workflow-Definition mit den Tools der Workflow-Sprache validieren, bevor Sie sie aufrufen CreateWorkflow oder CreateWorkflowVersion. Es fängt Probleme wie Syntaxfehler und Verweise ab, die sich nicht lösen lassen.
Bei der lokalen Validierung wird Ihre Definition mit der Workflow-Sprache verglichen, nicht mit HealthOmics Anforderungen. Für die Linters HealthOmics wird während der Workflow-Erstellung ausgeführt, siehe Der Arbeitsablauf zeigt an HealthOmics.
Einen Validator installieren
Bei den Validatoren handelt es sich um Software von Drittanbietern, die AWS hält nicht aufrecht.
Anmerkung
Ihr Lauf kann eine ältere Nextflow-Version verwenden als die, mit der Sie linten. Die nextflow lint Der Befehl wird mit der strengen Syntax analysiert, die Ihr Lauf möglicherweise nicht verwendet. Bevor Sie also eine Definition umschreiben, um einer Syntaxfindung zu entsprechen, überprüfen Sie, welche Syntaxversion Ihr Lauf verwendet. Eine Beschreibung finden Sie unter Geben Sie die Nextflow-Syntaxversion an. Für wie HealthOmics wählt die Nextflow-Version für einen Lauf aus, siehe Nextflow-Versionen.
Den Validator ausführen
Führen Sie den Validator für die Hauptdefinitionsdatei oder für Nextflow für das Verzeichnis aus, das ihn enthält.
Bei einem Paket mit mehreren Dateien legen Sie die Dateien auf der Festplatte an und verwenden Sie dabei dieselben relativen Pfade wie in dem ZIP-Archiv, in das Sie hochladen HealthOmics. Verweise werden relativ zu der Datei aufgelöst, die sie deklariert, nicht zu dem Verzeichnis, in dem Sie den Befehl ausführen. Die wichtigsten Dateianforderungen finden Sie unter HealthOmics Anforderungen an die Workflow-Definition.
Pass nextflow lint das Verzeichnis und nicht die Hauptdatei, damit es auch überprüft nextflow.config, das es von der Hauptdatei aus nicht erreicht.
Anmerkung
Wenn du bestanden hast -format, nextflow lint schreibt die Definitionsdateien um, die keine Fehler enthalten. Das Formatieren mit v25.10 oder höher kann zu Syntax führen, die frühere Nextflow-Versionen ablehnen. Formatieren Sie also nicht, es sei denn, Ihr Rechenlauf verwendet die Version, mit der Sie formatieren.
Lesen der Validierungsergebnisse
miniwdl und nextflow lint Beenden Sie mit einem Status ungleich Null, wenn sie einen Fehler melden, aber mit einem Status von Null, wenn sie nur Warnungen melden. Lesen Sie also die Ausgabe, anstatt sich auf den Exit-Status zu verlassen.
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WDL — miniwdl meldet entweder den ersten Fehler, den es nicht beheben kann, oder eine Übersicht aller Dokumente, die es geladen hat, mit allen Lint-Ergebnissen.
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Nextflow — Nextflow meldet jeden Fehler und jede Warnung mit ihrer Datei, Zeile und Spalte und setzt die fehlerhafte Zeile in Anführungszeichen. Es endet mit einer Zählung der Dateien, die Fehler hatten, und einer Zählung derjenigen, die keine Fehler hatten. Eine Datei mit einer Warnung, aber ohne Fehler, wird also als Datei ohne Fehler gewertet. Um das Berichtsformat zu ändern, geben Sie Folgendes ein
-o, zum Beispiel-o json. -
CWL — cwltool meldet entweder, dass es sich bei der Datei um eine gültige CWL-Datei handelt, oder dass die Überprüfung mit der Datei, Zeile und Spalte jedes Problems fehlgeschlagen ist.
Anmerkung
Nextflow-Versionen unterscheiden sich darin, wie viel sie melden. Nextflow v26.04 zählt Warnungen in seiner Zusammenfassung und nimmt sie auf -o json Ausgabe. Nextflow v25.10 druckt Warnungen nur in der Standardausgabe aus und meldet weder in seiner Zusammenfassung noch in seiner -o json Ausgabe.
