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Validación local de definiciones de flujo de trabajo
Puede validar una definición de flujo de trabajo con las herramientas propias del lenguaje de flujo de trabajo antes de llamar CreateWorkflow o CreateWorkflowVersion. Detecta problemas como errores de sintaxis y referencias que no se resuelven.
La validación local comprueba la definición comparándola con el lenguaje del flujo de trabajo, no con el mismo HealthOmics requisitos. Para los lectores que HealthOmics se ejecuta durante la creación del flujo de trabajo, consulte El flujo de trabajo apunta a HealthOmics.
Instalación de un validador
Los validadores son software de terceros que AWS no mantiene.
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WDL — Instalar miniwdl
, un conjunto de herramientas para desarrolladores y ejecutores locales para WDL. -
Nextflow — Instalar Nextflow
v25.10 o posterior. Las versiones anteriores tampoco tienen la nextflow lintordene o notifique que no hay advertencias. -
CWL — Instalar cwltool
, la implementación de referencia de los estándares CWL.
nota
Tu carrera puede usar una versión de Nextflow anterior a la que usas en lint. El nextflow lint el comando analiza con una sintaxis estricta, que es posible que la ejecución no utilice. Por lo tanto, antes de volver a escribir una definición para satisfacer una búsqueda de sintaxis, compruebe qué versión de sintaxis utiliza la ejecución, que se describe en Especifique la versión de sintaxis de Nextflow. ¿Para cómo? HealthOmics selecciona la versión de Nextflow para ejecutarla, consulte Versiones de Nextflow.
Ejecutando el validador
Ejecute el validador en el archivo de definición principal o, en el caso de Nextflow, en el directorio que lo contiene.
En el caso de un paquete de varios archivos, coloca los archivos en el disco con las mismas rutas relativas que tienen en el archivo ZIP al que los subes HealthOmics. Las referencias se resuelven en relación con el archivo que las declara, no con el directorio desde el que se ejecuta el comando. Para conocer los requisitos principales de los archivos, consulte HealthOmics requisitos de definición del flujo de trabajo.
Pase nextflow lint el directorio en lugar del archivo principal, para que también compruebe nextflow.config, al que no llega desde el archivo principal.
nota
Cuando pases -format, nextflow lint reescribe los archivos de definición que no contienen errores. Si formatea con la versión 25.10 o posterior, puede generar una sintaxis que las versiones anteriores de Nextflow rechazaban, así que no formatee a menos que la ejecución utilice la versión con la que ha formateado.
Leer los resultados de la validación
miniwdl y nextflow lint salen con un estado distinto de cero cuando informan de un error, pero con un estado cero cuando solo informan de advertencias, así que lee el resultado en lugar de confiar en el estado de salida.
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WDL — miniwdl informa del primer error del que no se puede recuperar o de un resumen de cada documento que ha cargado con cualquier hallazgo de lint en línea.
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Nextflow — Nextflow informa de cada error y advertencia con su archivo, línea y columna, y cita la línea infractora. Termina con un recuento de los archivos que tenían errores y un recuento de los que no tenían ninguno, por lo que un archivo con una advertencia pero sin ningún error se considera que no tiene ninguno. Para cambiar el formato del informe, pase
-o, por ejemplo-o json. -
CWL — cwltool informa de que el archivo es un CWL válido o de un error de validación en el archivo, la línea y la columna de cada problema.
nota
Las versiones de Nextflow difieren en cuanto a la cantidad que reportan. La versión 26.04 de Nextflow cuenta las advertencias en su resumen y las incluye en -o json salida. La versión 25.10 de Nextflow imprime las advertencias únicamente en la salida predeterminada y no informa de ninguna en su resumen ni en su -o json salida.
