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HealthOmics opérations de flux de travail - AWS HealthOmics

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HealthOmics opérations de flux de travail

Pour créer un flux de travail privé, vous devez :

  • Workflow definition file:Un fichier de définition de flux de travail écrit en WDLNextflow, ouCWL. La définition du flux de travail spécifie les entrées et les sorties pour les exécutions qui utilisent le flux de travail. Il inclut également les spécifications relatives aux exécutions et aux tâches d'exécution de votre flux de travail, y compris les exigences en matière de calcul et de mémoire. Le fichier de définition du flux de travail doit être au .zip format. Pour plus d'informations, consultez la section Fichiers de définition de flux de travail dans HealthOmics.

  • (Optional) Parameter template file:Un fichier modèle de paramètres écrit au formatJSON. Créez le fichier pour définir les paramètres d'exécution ou HealthOmics générez le modèle de paramètres pour vous. Pour plus d'informations, consultez la section Fichiers modèles de paramètres pour les HealthOmics flux de travail.

  • Amazon ECR container images:Créez des référentiels Amazon ECR privés pour chaque conteneur utilisé dans le flux de travail. Créez des images de conteneur pour le flux de travail et stockez-les dans un référentiel privé, ou synchronisez le contenu d'un registre en amont pris en charge avec votre référentiel privé ECR.

  • (Optional) Sentieon licenses:Demandez une Sentieon licence pour utiliser le Sentieon logiciel dans des flux de travail privés.

Pour les fichiers de définition de flux de travail supérieurs à 4 Mo (compressés), choisissez l'une des options suivantes lors de la création du flux de travail :

  • Téléchargez-le dans un dossier Amazon Simple Storage Service et spécifiez l'emplacement.

  • Téléchargez vers un référentiel externe (taille maximale de 1 Go) et spécifiez les détails du référentiel.

Après avoir créé un flux de travail, vous pouvez mettre à jour les informations de flux de travail suivantes à l'aide de l'UpdateWorkflowopération :

  • Nom

  • Description

  • Type de stockage par défaut

  • Capacité de stockage par défaut (avec ID de flux de travail)

  • README.md fichier

Pour modifier d'autres informations du flux de travail, créez un nouveau flux de travail ou une nouvelle version du flux de travail.

Utilisez le versionnement des flux de travail pour organiser et structurer vos flux de travail. Les versions vous aident également à gérer l'introduction de mises à jour itératives des flux de travail. Pour plus d'informations sur les versions, consultez Création d'une version de flux de travail.

Note

Après avoir créé un flux de travail WDL ou Nextflow DSL2, vérifiez le statusMessage champ GetWorkflow pour détecter toute trace de peluche. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Le flux de travail s'affiche HealthOmics.

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