Prise en charge de la version WDL Prise en charge de la version CWL Prise en charge de la version Nextflow

Support des versions pour les langages HealthOmics de définition des flux de travail

HealthOmics prend en charge les fichiers de définition de flux de travail écrits en Nextflow, WDL ou CWL. Les sections suivantes fournissent des informations sur HealthOmics la prise en charge des versions pour ces langues.

Prise en charge de la version WDL

HealthOmics prend en charge les versions 1.0, 1.1 et la version de développement de la spécification WDL.

Chaque document WDL doit inclure une déclaration de version pour spécifier la version (majeure et mineure) de la spécification à laquelle il adhère. Pour plus d'informations sur les versions, consultez la section Gestion des versions WDL

Les versions 1.0 et 1.1 de la spécification WDL ne prennent pas en charge ce Directory type. Pour utiliser le Directory type pour les entrées ou les sorties, définissez la development version sur la première ligne du fichier :


version development  # first line of .wdl file
     ... remainder of the file ...

Prise en charge de la version CWL

HealthOmics prend en charge les versions 1.0, 1.1 et 1.2 du langage CWL.

Vous pouvez spécifier la version linguistique dans le fichier de définition du flux de travail CWL. Pour plus d'informations sur CWL, consultez le guide de l'utilisateur CWL

Prise en charge de la version Nextflow

HealthOmics prend en charge cinq versions stables de Nextflow. Nextflow publie généralement une version stable tous les six mois. HealthOmics ne prend pas en charge les versions « Edge » mensuelles.

HealthOmics prend en charge les fonctionnalités publiées dans chaque version, mais pas les fonctionnalités de prévisualisation.

Versions prises en charge

HealthOmics prend en charge les versions de Nextflow suivantes :

Nextflow v22.04.01 DSL 1 et DSL 2
Nextflow v23.10.0 DSL 2 (par défaut)
Nextflow v24.10.8 DSL 2
Nextflow v25.10.0 DSL 2
Nextflow v26.04.0 DSL 2

Note

Nextflow v26.04.0 utilise l'analyseur syntaxique strict (v2) par défaut. Pour utiliser l'ancien analyseur syntaxique, définissez cette engineSettings.syntaxVersion valeur au v1 démarrage d'une exécution. Pour Nextflow v25.10.0 et versions antérieures, le mode de syntaxe stricte HealthOmics ne prend pas en charge le mode de syntaxe stricte et la seule valeur autorisée est. v1

Séparément, HealthOmics exécute le linter strict Nextflow intégré lors de la création du flux de travail. Le linter s'applique à toutes les versions de DSL2 (v22.04, v23.10, v24.10, v25.10 et v26.04). Les flux de travail DSL1 ne sont pas linted. Les résultats de Lint apparaissent dans le statusMessage champ de la GetWorkflow réponse. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Le flux de travail s'affiche HealthOmics.

Pour migrer votre flux de travail vers la dernière version prise en charge (v26.04.0), suivez le guide de mise à niveau de Nextflow.

La migration vers Nextflow v24, v25 ou v26 comporte quelques changements importants. Suivez le guide de migration Nextflow.

Détecter et traiter les versions de Nextflow

HealthOmics détecte la version DSL et la version Nextflow que vous spécifiez. Il détermine automatiquement la meilleure version de Nextflow à exécuter en fonction de ces entrées.

Version DSL

HealthOmics détecte la version DSL demandée dans votre fichier de définition de flux de travail. Par exemple, vous pouvez spécifier :nextflow.enable.dsl=2.

HealthOmics prend en charge le DSL 2 par défaut. Il assure la rétrocompatibilité avec DSL 1, si cela est spécifié dans votre fichier de définition de flux de travail.

Si vous spécifiez DSL 1, exécutez Nextflow v22.04 DSL1 (la seule version prise en charge qui HealthOmics exécute DSL 1).
Si vous ne spécifiez pas de version DSL, ou si HealthOmics vous ne parvenez pas à analyser les informations DSL pour une raison quelconque (par exemple, des erreurs de syntaxe dans le fichier de définition de votre flux de travail), la HealthOmics valeur par défaut est DSL 2 et exécute Nextflow v23.10.0.
Pour mettre à niveau votre flux de travail du DSL 1 au DSL 2 afin de tirer parti des dernières versions et fonctionnalités logicielles de Nextflow, consultez la section Migration depuis le DSL 1.

Versions de Nextflow

HealthOmics détecte la version de Nextflow demandée dans le fichier de configuration de Nextflow (nextflow.config), si vous fournissez ce fichier. Nous vous recommandons d'ajouter la nextflowVersion clause à la fin du fichier pour éviter tout remplacement inattendu des configurations incluses. Pour plus d'informations, consultez la section Configuration de Nextflow.

Vous pouvez spécifier une version de Nextflow ou une plage de versions à l'aide de la syntaxe suivante :


   // exact match
   manifest.nextflowVersion = '1.2.3'   
            
   // 1.2 or later (excluding 2 and later)
   manifest.nextflowVersion = '1.2+'         
            
   // 1.2 or later
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2'
            
   // any version in the range 1.2 to 1.5
   manifest.nextflowVersion = '>=1.2, <=1.5' 
            
   // use the "!" prefix to stop execution if the current version 
   // doesn't match the required version.
   manifest.nextflowVersion = '!>=1.2'

HealthOmics traite les informations de version de Nextflow comme suit :

Si vous l'utilisez = pour spécifier une version exacte qui HealthOmics prend en charge, HealthOmics utilise cette version.
Si vous ! spécifiez une version exacte ou une série de versions qui ne sont pas prises en charge, une HealthOmics exception est déclenchée et l'exécution échoue. Envisagez d'utiliser cette option si vous souhaitez être strict avec les demandes de version et échouer rapidement si la demande inclut des versions non prises en charge.
Si vous spécifiez une plage de versions, HealthOmics utilise la version la plus préférée de cette plage. L'ordre de préférence du plus élevé au plus bas est v23.10.0, v22.04.0, v24.10.8, v25.10.0 et v26.04.0. Par exemple :
- Si la plage couvre les versions 25.10.0 et 26.04.0, choisissez la version 25.10.0. HealthOmics
- Si la plage couvre les versions 24.10.8 et 25.10.0, choisissez la version 24.10.8. HealthOmics
S'il n'y a pas de version demandée, ou si les versions demandées ne sont pas valides ou ne peuvent pas être analysées pour quelque raison que ce soit :
- Si vous avez spécifié DSL 1, exécutez Nextflow HealthOmics v22.04.
- Sinon, HealthOmics exécute Nextflow v23.10.0.

Vous pouvez modifier la version de Nextflow sélectionnée automatiquement en la configurant engineSettings.engineVersion dans la demande. StartRun Cela assigne l'exécution à une version spécifique de Nextflow, quelle que soit la version spécifiée dans le nextflow.config fichier du flux de travail. Pour de plus amples informations, veuillez consulter Spécifier les paramètres du moteur Nextflow.

Vous pouvez récupérer les informations suivantes concernant la version de Nextflow HealthOmics utilisée pour chaque exécution :

Les journaux d'exécution contiennent des informations sur la version réelle de Nextflow HealthOmics utilisée pour l'exécution.
HealthOmics ajoute des avertissements dans les journaux d'exécution s'il n'y a pas de correspondance directe avec la version que vous avez demandée ou s'il a fallu utiliser une version différente de celle que vous avez spécifiée.
La réponse à l'opération d'GetRunAPI inclut un champ (engineVersion) contenant la version réelle de Nextflow HealthOmics utilisée pour l'exécution. Par exemple :
```
"engineVersion":"22.04.0"
```

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