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Risorse delle attività in una definizione del flusso di lavoro HealthOmics - AWS HealthOmics

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Risorse delle attività in una definizione del flusso di lavoro HealthOmics

Nella definizione del flusso di lavoro, definisci quanto segue per ogni attività:

HealthOmics ignora le specifiche di archiviazione per attività. HealthOmics fornisce uno spazio di archiviazione in esecuzione a cui possono accedere tutte le attività in esecuzione. Per ulteriori informazioni, consulta Esegui tipi di storage nei flussi HealthOmics di lavoro.

WDL
task my_task {
   runtime {
      container: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
      cpu: 2
      memory: "4 GB"
   }
   ...
}

Per un flusso di lavoro WDL, HealthOmics tenta fino a due tentativi per un'operazione che ha esito negativo a causa di errori di servizio (la richiesta API restituisce un codice di stato HTTP 5XX). Per ulteriori informazioni sui nuovi tentativi di attività, vedere. Ritentativi di attività

È possibile disattivare il comportamento dei tentativi specificando la seguente configurazione per l'operazione nel file di definizione WDL:

runtime {
   preemptible: 0
}
NextFlow
process my_task {
   container "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
   cpus 2
   memory "4 GiB"
   ...
}
CWL
cwlVersion: v1.2
class: CommandLineTool
requirements:
    DockerRequirement:
        dockerPull: "<aws-account-id>.dkr.ecr.<aws-region>.amazonaws.com/<image-name>"
    ResourceRequirement:
        coresMax: 2
        ramMax: 4000 # specified in mebibytes