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HealthOmics operações de fluxo de trabalho - AWS HealthOmics

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HealthOmics operações de fluxo de trabalho

Para criar um fluxo de trabalho privado, você precisa:

  • Workflow definition file:Um arquivo de definição de fluxo de trabalho escrito em WDLNextflow,, ouCWL. A definição do fluxo de trabalho especifica as entradas e saídas para execuções que usam o fluxo de trabalho. Ele também inclui especificações para as execuções e tarefas de execução do seu fluxo de trabalho, incluindo requisitos de computação e memória. O arquivo de definição do fluxo de trabalho deve estar em .zip formato. Para obter mais informações, consulte Arquivos de definição de fluxo de trabalho em HealthOmics.

  • (Optional) Parameter template file:Um arquivo de modelo de parâmetro escrito emJSON. Crie o arquivo para definir os parâmetros de execução ou HealthOmics gere o modelo de parâmetro para você. Para obter mais informações, consulte Arquivos de modelo de parâmetros para HealthOmics fluxos de trabalho.

  • Amazon ECR container images:Crie repositórios privados do Amazon ECR para cada contêiner usado no fluxo de trabalho. Crie imagens de contêiner para o fluxo de trabalho e armazene-as em um repositório privado ou sincronize o conteúdo de um registro upstream compatível com seu repositório privado ECR.

  • (Optional) Sentieon licenses:Solicite uma Sentieon licença para usar o Sentieon software em fluxos de trabalho privados.

Para arquivos de definição de fluxo de trabalho maiores que 4 MiB (compactados), escolha uma dessas opções durante a criação do fluxo de trabalho:

  • Faça o upload para uma pasta do Amazon Simple Storage Service e especifique a localização.

  • Faça o upload para um repositório externo (tamanho máximo de 1 GiB) e especifique os detalhes do repositório.

Depois de criar um fluxo de trabalho, você pode atualizar as seguintes informações do fluxo de trabalho com a UpdateWorkflow operação:

  • Name (Nome)

  • Description

  • Tipo de armazenamento padrão

  • Capacidade de armazenamento padrão (com ID do fluxo de trabalho)

  • README.md arquivo

Para alterar outras informações no fluxo de trabalho, crie um novo fluxo de trabalho ou versão do fluxo de trabalho.

Use o controle de versão do fluxo de trabalho para organizar e estruturar seus fluxos de trabalho. As versões também ajudam você a gerenciar a introdução de atualizações iterativas do fluxo de trabalho. Para obter mais informações sobre versões, consulte Crie uma versão do fluxo de trabalho.

nota

Depois de criar um fluxo de trabalho WDL ou Nextflow DSL2, use GetWorkflow para verificar se há alguma descoberta de lint no statusMessage campo. Para obter mais informações, consulte Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics.

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