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Validando as definições do fluxo de trabalho localmente
Você pode validar uma definição de fluxo de trabalho com as próprias ferramentas da linguagem de fluxo de trabalho antes de ligar CreateWorkflow ou CreateWorkflowVersion. Ele detecta problemas como erros de sintaxe e referências que não são resolvidos.
A validação local verifica sua definição em relação ao idioma do fluxo de trabalho, não em relação a HealthOmics requisitos. Para os lanternos que HealthOmics é executado durante a criação do fluxo de trabalho, consulte Fluxo de trabalho intermitente em HealthOmics.
Instalando um validador
Os validadores são softwares de terceiros que AWS não mantém.
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WDL — Instalar miniwdl
, um kit de ferramentas local para executores e desenvolvedores da WDL. -
Nextflow — Instalar Próximo fluxo
v25.10 ou posterior. As versões anteriores também não têm o nextflow lintnão comande ou informe nenhum aviso. -
CWL — Instalar cwltool
, a implementação de referência dos padrões CWL.
nota
Sua execução pode usar uma versão mais antiga do Nextflow do que aquela com a qual você usa o lint. O nextflow lint o comando é analisado com a sintaxe estrita, que sua execução pode não usar. Portanto, antes de reescrever uma definição para satisfazer uma descoberta de sintaxe, verifique qual versão de sintaxe sua execução usa, descrita em Especifique a versão da sintaxe do Nextflow. Para como HealthOmics seleciona a versão do Nextflow para uma execução, consulte Versões do Nextflow.
Executando o validador
Execute o validador no arquivo de definição principal ou, para o Nextflow, no diretório que o contém.
Para um pacote de vários arquivos, coloque os arquivos em disco com os mesmos caminhos relativos que eles têm no arquivo ZIP para o qual você fez o upload HealthOmics. As referências são resolvidas em relação ao arquivo que as declara, não ao diretório a partir do qual você executa o comando. Para ver os principais requisitos de arquivo, consulte HealthOmics requisitos de definição de fluxo de trabalho.
Passe nextflow lint o diretório em vez do arquivo principal, para que ele também verifique nextflow.config, que não é acessado no arquivo principal.
nota
Quando você passa -format, nextflow lint reescreve os arquivos de definição que não têm erros. A formatação com a v25.10 ou posterior pode produzir uma sintaxe que as versões anteriores do Nextflow rejeitam, portanto, não formate a menos que sua execução use a versão com a qual você formata.
Lendo os resultados da validação
miniwdl e nextflow lint saia com um status diferente de zero quando eles relatam um erro, mas com um status zero quando eles relatam apenas avisos, então leia a saída em vez de confiar no status de saída.
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WDL — miniwdl relata o primeiro erro do qual não consegue se recuperar ou um resumo de cada documento carregado com qualquer descoberta de lint em linha.
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Nextflow — O Nextflow relata cada erro e aviso com seu arquivo, linha e coluna e cita a linha ofensiva. Ele termina com uma contagem dos arquivos que tiveram erros e uma contagem dos que não tiveram nenhum, então um arquivo com um aviso, mas sem erro, é considerado como não tendo nenhum. Para alterar o formato do relatório, passe
-o, por exemplo-o json. -
CWL — cwltool relata que o arquivo é CWL válido ou uma falha na validação do arquivo, linha e coluna de cada problema.
nota
As versões do Nextflow diferem no quanto relatam. O Nextflow v26.04 conta os avisos em seu resumo e os inclui em -o json saída. O Nextflow v25.10 imprime avisos somente na saída padrão e não relata nenhum em seu resumo ou em seu -o json saída.
