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在 HealthOmics 中開始執行

當您開始執行時，您可以指定 HealthOmics 為執行配置的資源。可用的設定如下：

使用主控台啟動執行

啟動執行精靈有四個步驟：

開始執行

步驟 1：指定執行詳細資訊

提供下列設定：

選擇下一步以繼續步驟 2。

步驟 2：新增參數值

在此頁面上，輸入執行的參數值，或選取工作流程作者提供的預先定義值。

當您選取 Nextflow 工作流程以開始執行時，此步驟頂端會顯示 Nextflow 引擎設定和 Nextflow 設定檔的其他區段。如需這些設定的完整詳細資訊 （支援的值、行為和設定檔優先順序），請參閱 指定 Nextflow 引擎設定。

執行參數值

提供執行參數。您可以上傳 JSON 檔案或手動輸入值。JSON 檔案包含每個輸入參數的確切名稱，以及 參數的值。

HealthOmics 支援下列參數值的 JSON 類型。

如需詳細資訊，請參閱HealthOmics 執行輸入及管理執行參數大小。

選擇下一步以繼續步驟 3。

步驟 3：新增執行群組、執行快取和標籤

此頁面上的所有設定都是選用的。

選擇下一步以繼續步驟 4。

步驟 4：檢閱並開始執行

檢閱所有先前步驟的執行組態。若要修改設定，請選擇相關步驟旁的編輯。當您準備好時，請選擇開始執行。

使用 API 開始執行

使用 StartRun API 操作來建立和啟動執行。

開始基本執行

下列範例指定工作流程 ID、服務角色和輸出 URI。此範例會將保留模式設定為 REMOVE。如需保留模式的詳細資訊，請參閱 HealthOmics 執行的執行保留模式。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

為了回應，您會取得下列輸出。對執行uuid而言是唯一的，而且 與 outputUri可用來追蹤輸出資料的寫入位置。

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

常見 API 選項

包含參數檔案

如果工作流程的參數範本宣告任何必要的參數，您可以在啟動工作流程執行時提供輸入的本機 JSON 檔案。JSON 檔案包含每個輸入參數的確切名稱，以及 參數的值。

將 --parameters file://<input_file.json>新增至您的start-run請求 AWS CLI ，以參考 中的輸入 JSON 檔案。如需詳細資訊，請參閱 步驟 2：新增參數值和 中參數值支援的 JSON 類型HealthOmics 執行輸入。

提供請求 ID

您可以requestId為每個執行提供唯一的 。請求 ID 是 HealthOmics 用來擷取重複請求的等冪字符。如果請求 ID 與先前的執行重複，則不會啟動執行。

如果您使用基礎設施 （例如 Lambda 函數或步驟函數） 來協調執行開始，最佳實務是為每個 StartRun 請求提供唯一的請求 ID。這可確保如果您的基礎設施不小心啟動已啟動的執行，HealthOmics 不會啟動重複的執行。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

選擇工作流程版本

您可以指定執行的工作流程版本。如果您未指定版本，HealthOmics 會使用預設工作流程版本啟動執行。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

覆寫執行儲存體類型

您可以覆寫工作流程中設定的預設執行儲存體類型。

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

啟用暫時性儲存

若要為執行啟用暫時性儲存，請在開始執行LOCAL時將 --scratch-storage-mode設定為 。HealthOmics /tmp會為每個工作流程任務執行個體在 掛載專用的本機儲存磁碟區。

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

若要針對特定執行停用暫時性儲存 （例如，隔離失敗），請將 --scratch-storage-mode設定為 SHARED。

如需詳細資訊，請參閱HealthOmics 工作流程任務的暫時性儲存。

如需 Nextflow 引擎設定 （引擎版本、設定檔、語法剖析器），請參閱 指定 Nextflow 引擎設定。

指定 Nextflow 引擎設定

對於 Nextflow 工作流程，您可以在 StartRun API 請求中傳遞engineSettings映射，以控制引擎行為，而無需修改工作流程原始程式碼。在 主控台上，這些設定可在步驟 2：新增參數值作為單獨區段，該區段顯示用於 Nextflow 工作流程。

支援的金鑰

Nextflow 引擎版本鎖定

您可以選取特定的 Nextflow 引擎版本來執行您的工作流程，以控制跨引擎版本的遷移。執行時間版本覆寫可確保即使工作流程定義透過其組態或設定檔指定版本，您在執行時間指定的引擎版本仍優先。這可讓您跨多個引擎版本測試相同的工作流程，而無需修改工作流程原始程式碼。

支援的版本：22.04.0 （或 22.04)、23.10.0 （或 23.10)、24.10.8 （或 24.10)、25.10.0 （或 25.10) 和 26.04.0 （或 26.04)。接受完整和簡短版本格式。

API 和 CLI

在 中使用 engineVersion金鑰--engine-settings：

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

主控台

在 中步驟 2：新增參數值，從 Nextflow 引擎設定區段中的引擎版本下拉式清單中選取版本。

下一個流程設定檔

Nextflow 設定檔是在工作流程的 中定義的一組執行設定nextflow.config。您可以在執行時間啟用一或多個設定檔，以套用環境特定的設定 （例如開發、測試或生產），而無需修改工作流程原始程式碼。

API 和 CLI

在 中使用 profile金鑰--engine-settings。將多個設定檔指定為逗號分隔清單：

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

主控台

在 中步驟 2：新增參數值，Nextflow 設定檔區段會顯示在引擎設定下方。從選取設定檔下拉式清單中選取一或多個設定檔。主控台會顯示設定檔應用程式順序。若要移除設定檔，請選擇其名稱旁的 ×。

設定檔應用程式順序

當您指定多個設定檔時，應用程式順序取決於 Nextflow 引擎版本和語法剖析器：

組態優先順序

Nextflow 會依下列順序解析參數，稍後層會覆寫先前的參數：

VPC 聯網

您可以在 Virtual Private Cloud (VPC) 中執行工作流程，這可讓您存取公有網際網路、跨區域流量，以及與 VPC 中的資源通訊。

若要啟用 VPC 聯網：

如需詳細資訊，請參閱將 HealthOmics 工作流程連線至 VPC。