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HealthOmics에서 실행 시작

실행을 시작할 때 HealthOmics가 실행에 할당하는 리소스를 지정합니다. 다음 설정을 사용할 수 있습니다.

콘솔을 사용하여 실행 시작

실행 시작 마법사에는 네 단계가 있습니다.

실행을 시작하려면

1단계: 실행 세부 정보 지정

다음 설정을 제공합니다.

다음을 선택하여 2단계로 진행합니다.

2단계: 파라미터 값 추가

이 페이지에서 실행의 파라미터 값을 입력하거나 워크플로 작성자가 제공한 사전 정의된 값을 선택합니다.

Nextflow 워크플로를 선택하여 실행을 시작하면 Nextflow 엔진 설정 및 Nextflow 프로파일에 대한 추가 섹션이이 단계의 상단에 나타납니다. 이러한 설정(지원되는 값, 동작 및 프로필 우선 순위)에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요Nextflow 엔진 설정 지정.

파라미터 값 실행

실행 파라미터를 제공합니다. JSON 파일을 업로드하거나 값을 수동으로 입력할 수 있습니다. JSON 파일에는 각 입력 파라미터의 정확한 이름과 파라미터 값이 포함됩니다.

HealthOmics는 파라미터 값에 대해 다음과 같은 JSON 유형을 지원합니다.

자세한 내용은 HealthOmics 실행 입력 및 실행 파라미터 크기 관리 섹션을 참조하세요.

다음을 선택하여 3단계로 진행합니다.

3단계: 실행 그룹 추가, 캐시 및 태그 실행

이 페이지의 모든 설정은 선택 사항입니다.

다음을 선택하여 4단계로 진행합니다.

4단계: 실행 검토 및 시작

모든 이전 단계의 실행 구성을 검토합니다. 설정을 수정하려면 관련 단계 옆에 있는 편집을 선택합니다. 준비가 되면 실행 시작을 선택합니다.

API를 사용하여 실행 시작

StartRun API 작업을 사용하여 실행을 생성하고 시작합니다.

기본 실행 시작

다음 예제에서는 워크플로 ID, 서비스 역할 및 출력 URI를 지정합니다. 이 예제에서는 보존 모드를 로 설정합니다REMOVE. 보존 모드에 대한 자세한 내용은 섹션을 참조하세요HealthOmics 실행에 대한 보존 모드 실행.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
     --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
     --name "my-workflow-run" \
     --retention-mode REMOVE

이에 대한 응답으로 다음 출력을 얻습니다. uuid는 실행에 고유하며와 함께 출력 데이터가 기록되는 위치를 추적하는 데 사용할 outputUri 수 있습니다.

{
    "arn": "arn:aws:omics:us-west-2:123456789012:run/1234567",
    "id": "123456789",
    "uuid": "96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "outputUri": "s3://bucket/folder/8405154/96c57683-74bf-9d6d-ae7e-f09b097db14a",
    "status": "PENDING"
}

공통 API 옵션

파라미터 파일 포함

워크플로의 파라미터 템플릿이 필요한 파라미터를 선언하는 경우 워크플로 실행을 시작할 때 입력의 로컬 JSON 파일을 제공할 수 있습니다. JSON 파일에는 각 입력 파라미터의 정확한 이름과 파라미터 값이 포함됩니다.

start-run 요청에를 AWS CLI 추가하여의 입력 JSON 파일을 참조--parameters file://<input_file.json>합니다. 자세한 내용은 2단계: 파라미터 값 추가 및의 파라미터 값에 대해 지원되는 JSON 유형을 참조하세요HealthOmics 실행 입력.

요청 ID 제공

각 실행requestId에 고유한를 제공할 수 있습니다. 요청 ID는 HealthOmics가 중복 요청을 포착하는 데 사용하는 멱등성 토큰입니다. 요청 ID가 이전 실행과 중복된 경우 실행이 시작되지 않습니다.

실행 시작 오케스트레이션에 인프라(예: Lambda 함수 또는 단계 함수)를 사용하는 경우 모범 사례는 각 StartRun 요청에 고유한 요청 ID를 제공하는 것입니다. 이렇게 하면 인프라가 이미 시작된 실행을 실수로 시작하는 경우 HealthOmics가 중복 실행을 시작하지 않습니다.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --request-id "unique-request-id-12345"

워크플로 버전 선택

실행에 대한 워크플로 버전을 지정할 수 있습니다. 버전을 지정하지 않으면 HealthOmics는 기본 워크플로 버전으로 실행을 시작합니다.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --workflow-version-name '1.2.1'

실행 스토리지 유형 재정의

워크플로에 설정된 기본 실행 스토리지 유형을 재정의할 수 있습니다.

aws omics start-run \
     --workflow-id workflow id \
     ... \
     --storage-type STATIC \
     --storage-capacity 2400

임시 스토리지 활성화

실행에 임시 스토리지를 활성화하려면 실행을 시작할 LOCAL 때를 --scratch-storage-mode로 설정합니다. HealthOmics는 각 워크플로 태스크 인스턴스에 /tmp 대해에 전용 로컬 스토리지 볼륨을 탑재합니다.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow-id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsServiceRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output-folder/ \
    --parameters file:///path/to/parameters.json \
    --scratch-storage-mode LOCAL

특정 실행에 대해 임시 스토리지를 비활성화하려면(예: 실패를 격리하려면)를 --scratch-storage-mode로 설정합니다SHARED.

자세한 내용은 HealthOmics 워크플로 작업을 위한 임시 스토리지 단원을 참조하십시오.

Nextflow 엔진 설정(엔진 버전, 프로필, 구문 구문 분석기)은 섹션을 참조하세요Nextflow 엔진 설정 지정.

Nextflow 엔진 설정 지정

Nextflow 워크플로의 경우 워크플로 소스 코드를 수정하지 않고 StartRun API 요청에 engineSettings 맵을 전달하여 엔진 동작을 제어할 수 있습니다. 콘솔에서 이러한 설정은 2단계: Nextflow 워크플로에 표시되는 별도의 섹션으로 파라미터 값 추가에서 사용할 수 있습니다.

지원되는 키

Nextflow 엔진 버전 고정

워크플로를 실행할 특정 Nextflow 엔진 버전을 선택하여 엔진 버전 간에 제어된 마이그레이션을 활성화할 수 있습니다. 런타임 버전 재정의는 워크플로 정의가 구성 또는 프로파일을 통해 버전을 지정하는 경우에도 런타임에 지정하는 엔진 버전이 우선하도록 합니다. 이렇게 하면 워크플로 소스 코드를 수정하지 않고도 여러 엔진 버전에서 동일한 워크플로를 테스트할 수 있습니다.

지원되는 버전: 22.04.0(또는 22.04), 23.10.0(또는 23.10), 24.10.8(또는 24.10), 25.10.0(또는 25.10) 및 26.04.0(또는 26.04). 전체 버전 형식과 짧은 버전 형식이 모두 허용됩니다.

API 및 CLI

에서 engineVersion 키를 사용합니다--engine-settings.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"engineVersion":"26.04"}'

콘솔

의 Nextflow 엔진 설정 섹션의 엔진 버전 드롭다운에서 버전을 2단계: 파라미터 값 추가선택합니다.

Nextflow 프로파일

Nextflow 프로파일은 워크플로의에 정의된 실행 설정 세트로 이름이 지정됩니다nextflow.config. 워크플로 소스 코드를 수정하지 않고도 런타임에 하나 이상의 프로파일을 활성화하여 환경별 설정(예: 개발, 테스트 또는 프로덕션)을 적용할 수 있습니다.

API 및 CLI

에서 profile 키를 사용합니다--engine-settings. 여러 프로필을 쉼표로 구분된 목록으로 지정합니다.

aws omics start-run \
    --workflow-id workflow id \
    --role-arn arn:aws:iam::123456789012:role/OmicsRole \
    --output-uri s3://amzn-s3-demo-bucket/output \
    --engine-settings '{"profile":"test,docker"}'

콘솔

에서 엔진 설정 아래에 2단계: 파라미터 값 추가 Nextflow 프로파일 섹션이 나타납니다. 프로필 선택 드롭다운에서 프로필을 하나 이상 선택합니다. 콘솔에 프로파일 애플리케이션 순서가 표시됩니다. 프로필을 제거하려면 이름 옆에 있는 ×를 선택합니다.

프로필 애플리케이션 순서

여러 프로필을 지정하는 경우 애플리케이션 순서는 Nextflow 엔진 버전 및 구문 구문 분석기에 따라 달라집니다.

구성 우선 순위

Nextflow는 파라미터를 다음 순서로 해석하며, 이후 계층은 이전 계층을 재정의합니다.

VPC 네트워킹

Virtual Private Cloud(VPC)에서 워크플로를 실행하여 퍼블릭 인터넷, 리전 간 트래픽 및 VPC의 리소스와의 통신에 액세스할 수 있습니다.

VPC 네트워킹을 활성화하려면:

자세한 내용은 VPC에 HealthOmics 워크플로 연결 단원을 참조하십시오.