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HealthOmics 工作流程操作
要创建私有工作流程,您需要:
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Workflow definition file:以WDL、Nextflow或写入的工作流定义文件CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范,包括计算和内存要求。工作流定义文件必须采用
.zip格式。有关更多信息,请参阅中的工作流定义文件 HealthOmics。-
您可以使用 Kiro CLI 在 WDL、Nextflow 和 CWL 中构建和验证您的工作流程定义文件。有关更多信息,请参阅 Kiro CLI 的示例提示和上的 A HealthOmics gentic 生成式 AI 教程。
GitHub
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(Optional) Parameter template file:写入的参数模板文件JSON。创建文件以定义运行参数,或为您 HealthOmics 生成参数模板。有关更多信息,请参阅 HealthOmics 工作流程的参数模板文件。
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Amazon ECR container images:为工作流程中使用的每个容器创建私有 Amazon ECR 存储库。为工作流程创建容器镜像并将其存储在私有存储库中,或者将支持的上游注册表的内容与 ECR 私有存储库同步。
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(Optional) Sentieon licenses:申请在私人工作流程中使用该Sentieon软件的Sentieon许可证。
对于大于 4 MiB(压缩)的工作流定义文件,请在工作流创建期间选择以下选项之一:
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上传到亚马逊简单存储服务文件夹并指定位置。
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上传到外部存储库(最大大小 1 GiB)并指定存储库的详细信息。
创建工作流后,您可以使用该UpdateWorkflow操作更新以下工作流信息:
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Name
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说明
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默认存储类型
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默认存储容量(含工作流 ID)
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README.md 文件
要更改工作流程中的其他信息,请创建新的工作流程或工作流程版本。
使用工作流程版本控制来组织和结构您的工作流程。版本还可以帮助您管理迭代工作流程更新的引入。有关版本的更多信息,请参阅创建工作流程版本。
注意
创建 WDL 或 Nextflow DSL2 工作流程后,使用该statusMessage字段检查是否有GetWorkflow任何 Lint 发现。有关更多信息,请参阅 工作流程提示器已输入 HealthOmics。