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HealthOmics operaciones de flujo de trabajo - AWS HealthOmics

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HealthOmics operaciones de flujo de trabajo

Para crear un flujo de trabajo privado, necesitas:

  • Workflow definition file:Un archivo de definición de flujo de trabajo escrito en WDLNextflow, oCWL. La definición del flujo de trabajo especifica las entradas y salidas de las ejecuciones que utilizan el flujo de trabajo. También incluye especificaciones para las ejecuciones y las tareas de ejecución de su flujo de trabajo, incluidos los requisitos de computación y memoria. El archivo de definición del flujo de trabajo debe estar en .zip formato. Para obtener más información, consulte los archivos de definición de flujos de trabajo en HealthOmics.

  • (Optional) Parameter template file:Un archivo de plantilla de parámetros escrito en. JSON Cree el archivo para definir los parámetros de ejecución o HealthOmics genere la plantilla de parámetros automáticamente. Para obtener más información, consulte Archivos de plantillas de parámetros para HealthOmics flujos de trabajo.

  • Amazon ECR container images:Cree repositorios privados de Amazon ECR para cada contenedor utilizado en el flujo de trabajo. Cree imágenes de contenedor para el flujo de trabajo y almacénelas en un repositorio privado, o sincronice el contenido de un registro ascendente compatible con su repositorio privado de ECR.

  • (Optional) Sentieon licenses:Solicita una Sentieon licencia para usar el Sentieon software en flujos de trabajo privados.

Para los archivos de definición de flujos de trabajo de más de 4 MiB (comprimidos), elija una de estas opciones durante la creación del flujo de trabajo:

  • Cárguelos en una carpeta de Amazon Simple Storage Service y especifique la ubicación.

  • Suba a un repositorio externo (tamaño máximo de 1 GiB) y especifique los detalles del repositorio.

Tras crear un flujo de trabajo, puede actualizar la siguiente información del flujo de trabajo con la UpdateWorkflow operación:

  • Name

  • Description (Descripción)

  • Tipo de almacenamiento predeterminado

  • Capacidad de almacenamiento predeterminada (con ID de flujo de trabajo)

  • README.md archivo

Para cambiar otra información del flujo de trabajo, cree un nuevo flujo de trabajo o versión del flujo de trabajo.

Usa el control de versiones del flujo de trabajo para organizar y estructurar tus flujos de trabajo. Las versiones también ayudan a gestionar la introducción de actualizaciones iterativas del flujo de trabajo. Para obtener más información acerca de las versiones, consulte Crear una versión de flujo de trabajo.

nota

Después de crear un flujo de trabajo de WDL o Nextflow DSL2, utilícelo GetWorkflow para comprobar si hay algún hallazgo de lint en el statusMessage campo. Para obtener más información, consulte El flujo de trabajo apunta a HealthOmics.

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