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Creación de flujos de trabajo privados en HealthOmics
Puede llevar su propio flujo de trabajo a AWS HealthOmics como Flujo de trabajo privado y ejecute sus cargas de trabajo de bioinformática de investigación o producción en HealthOmics. Para ello, debe preparar una definición de flujo de trabajo y configurar los recursos de los que depende.
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Workflow definition file: Un archivo de definición de flujo de trabajo escrito en WDL, Nextflow, o CWL. La definición del flujo de trabajo especifica las entradas y salidas de las ejecuciones que utilizan el flujo de trabajo. También incluye especificaciones para las ejecuciones y las tareas de ejecución de su flujo de trabajo, incluidos los requisitos de computación y memoria. El archivo de definición del flujo de trabajo debe estar en
.zipformato. Para obtener más información, consulte Archivos de definición de flujos de trabajo.-
Puedes usar CLI de Kiro para crear y validar sus archivos de definición de flujos de trabajo en WDL, Nextflow y CWL. Para obtener más información, consulte Ejemplos de solicitudes para la CLI de Kiro y el HealthOmics Tutorial de IA generativa para agencias
en GitHub.
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Container images: Si su flujo de trabajo necesita imágenes de contenedores de registros públicos o de sus propios repositorios, puede configurar Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) y AWS Identity and Access Management Permisos (IAM) para tu carrera. Con HealthOmics, puedes usar tus propios contenedores privados e imágenes de contenedores desde Docker Hub, Amazon ECR Public, GitHub Registro de contenedores, GitLab Registro de contenedores, Google Registro de artefactos o contenedores, Kubernetes Registro de contenedores, Microsoft Azure Registro de contenedores, NVIDIA NGC, Quay, y Seqera Containers. Para obtener más información sobre los registros compatibles, consulte Imágenes de contenedor para flujos de trabajo privados.
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(Optional) Parameter template file: Un archivo de plantilla de parámetros escrito en JSON. Cree el archivo para definir los parámetros de ejecución, o HealthOmics genera la plantilla de parámetros automáticamente. Para obtener más información, consulte Archivos de plantillas de parámetros para HealthOmics flujos de trabajo.
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(Optional) README file: Puede adjuntar documentación completa, detalles de implementación y diagramas directamente a sus flujos de trabajo y versiones de flujos de trabajo bioinformáticos mediante archivos README. Los archivos README mejoran la gestión del flujo de trabajo al proporcionar una ubicación centralizada para la documentación crítica del flujo de trabajo, lo que permite un intercambio de conocimientos más eficaz entre los equipos de investigación. Para obtener más información, consulte Archivos README de Workflow.
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(Optional) Sentieon licenses: Solicita un Sentieon licencia para usar el Sentieon software en flujos de trabajo privados.
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(Optional) Illumina DRAGEN: Ejecute Illumina DRAGEN modo software como tarea en un flujo de trabajo privado. Para obtener más información, consulte Illumina DRAGEN en HealthOmics flujos de trabajo privados.
Puede detectar problemas en sus flujos de trabajo antes de iniciar una ejecución, lo que ahorra tiempo. HealthOmics proporciona dos recursos para ayudar a encontrar problemas en la definición de su flujo de trabajo.
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Indicadores de flujo de trabajo: Defina la definición de su flujo de trabajo para detectar los errores y las advertencias de forma temprana. HealthOmics incluye linters integrados que se ejecutan durante la creación del flujo de trabajo y, si lo desea, puede ejecutar un linter localmente antes de crear el flujo de trabajo. Cuando el linter integrado detecta problemas, los resultados del lint estructurado aparecen en
statusMessagepara que puedas revisarlos y solucionarlos. -
Especificaciones lingüísticas y versiones del motor compatibles: HealthOmics admite definiciones de flujo de trabajo escritas en tres lenguajes de flujo de trabajo. Cada idioma tiene su propia sintaxis, capacidades y compatibilidad con las versiones.
Cuando la definición del flujo de trabajo y las imágenes del contenedor estén listas, cree el flujo de trabajo en la consola con AWS Command Line Interface (AWS CLI), o con un AWS SDK. El flujo de trabajo comienza en CREATING y se convierte en ACTIVE cuando esté listo. Después de que el flujo de trabajo esté ACTIVE, puede iniciar una carrera. Para obtener más información, consulte HealthOmics operaciones de flujo de trabajo.
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