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Creación de flujos de trabajo privados en HealthOmics
Los flujos de trabajo privados dependen de una variedad de recursos que se crean y configuran antes de crear el flujo de trabajo:
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Workflow definition file:Un archivo de definición de flujo de trabajo escrito en WDLNextflow, oCWL. La definición del flujo de trabajo especifica las entradas y salidas de las ejecuciones que utilizan el flujo de trabajo. También incluye especificaciones para las ejecuciones y las tareas de ejecución de su flujo de trabajo, incluidos los requisitos de computación y memoria. El archivo de definición del flujo de trabajo debe estar en
.zipformato. Para obtener más información, consulte Archivos de definición de flujos de trabajo.-
Puede usar la CLI de Kiro para crear y validar sus archivos de definición de flujos de trabajo en WDL, Nextflow y CWL. Para obtener más información, consulte los ejemplos de instrucciones de la CLI de Kiro y el tutorial sobre IA generativa de Agentic sobre. HealthOmics
GitHub
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(Optional) Parameter template file:Un archivo de plantilla de parámetros escrito en. JSON Cree el archivo para definir los parámetros de ejecución o HealthOmics genere la plantilla de parámetros automáticamente. Para obtener más información, consulte Archivos de plantillas de parámetros para HealthOmics flujos de trabajo.
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Amazon ECR container images:Cree un repositorio privado de Amazon ECR para el flujo de trabajo. Cree imágenes de contenedor en el repositorio privado o sincronice el contenido de un registro ascendente compatible con su repositorio privado de Amazon ECR.
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(Optional) Sentieon licenses:Solicita una Sentieon licencia para usar el Sentieon software en flujos de trabajo privados.
Además de los linters integrados, si lo desea, puede ejecutar un linter localmente en su definición de flujo de trabajo antes de crear el flujo de trabajo. Para obtener más información sobre los linteros externos integrados y opcionales, consulte. El flujo de trabajo apunta a HealthOmics
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