Création de flux de travail privés dans HealthOmics

Workflow definition file: Un fichier de définition de flux de travail écrit en WDL, Nextflow, ou CWL. La définition du flux de travail spécifie les entrées et les sorties pour les exécutions qui utilisent le flux de travail. Il inclut également les spécifications relatives aux exécutions et aux tâches d'exécution de votre flux de travail, y compris les exigences en matière de calcul et de mémoire. Le fichier de définition du flux de travail doit se trouver dans .zip format. Pour plus d'informations, voir Fichiers de définition de flux de travail.

Container images: Si votre flux de travail nécessite des images de conteneurs provenant de registres publics ou de vos propres référentiels, vous pouvez configurer Amazon Elastic Container Registry (Amazon ECR) et Gestion des identités et des accès AWS autorisations (IAM) pour votre course. Avec HealthOmics, vous pouvez utiliser vos propres conteneurs privés et des images de conteneurs depuis Docker Hub, Amazon ECR Public, GitHub Registre des conteneurs, GitLab Registre des conteneurs, Google Registre des artefacts ou des conteneurs, Kubernetes Registre des conteneurs, Microsoft Azure Registre des conteneurs, NVIDIA NGC, Quay, et Seqera Containers. Pour plus d'informations sur les registres pris en charge, voir Images de conteneurs pour les flux de travail privés.

(Optional) Parameter template file: Un fichier modèle de paramètres écrit en JSON. Créez le fichier pour définir les paramètres d'exécution, ou HealthOmics génère le modèle de paramètres pour vous. Pour plus d'informations, voir Fichiers modèles de paramètres pour HealthOmics flux de travail.

(Optional) README file: Vous pouvez joindre une documentation complète, des détails de mise en œuvre et des diagrammes directement à vos flux de travail bioinformatiques et à leurs versions à l'aide de fichiers README. Les fichiers README améliorent la gestion des flux de travail en fournissant un emplacement centralisé pour la documentation essentielle des flux de travail, ce qui permet un partage plus efficace des connaissances entre les équipes de recherche. Pour plus d'informations, voir Fichiers README du flux de travail.

(Optional) Sentieon licenses: Demandez un Sentieon licence d'utilisation du Sentieon logiciel dans les flux de travail privés.

(Optional) Illumina DRAGEN: Courez Illumina DRAGEN mode logiciel en tant que tâche dans un flux de travail privé. Pour plus d’informations, consultez Illumina DRAGEN sur HealthOmics flux de travail privés.

Linters de flux de travail: modifiez la définition de votre flux de travail pour détecter rapidement les erreurs et les avertissements. HealthOmics inclut des filtres intégrés qui s'exécutent lors de la création du flux de travail, et vous pouvez éventuellement exécuter un linter localement avant de créer le flux de travail. Lorsque le linter intégré détecte des problèmes, les résultats structurés du linter apparaissent dans statusMessage afin que vous puissiez les consulter et les corriger.

Spécifications linguistiques et versions du moteur prises en charge: HealthOmics prend en charge les définitions de flux de travail écrites dans trois langues de flux de travail. Chaque langue possède sa propre syntaxe, ses propres fonctionnalités et sa propre prise en charge des versions.