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问题排查 - AWS HealthOmics
排查工作流排除呼叫缓存问题对数据存储进行故障排除使用 Kiro CLI 进行故障排除

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

问题排查

以下主题可以帮助您解决在使用 HealthOmics 工作流程和数据存储时遇到的问题。

排查工作流

如何解决运行失败的问题？

使用 GetRun API 操作检索失败原因。有关更多信息，请参阅 运行失败原因。

如何对失败的任务进行故障排除？

查看任务失败消息中的错误代码以了解失败。查看任务登录 CloudWatch 以查看任务的详细日志消息。如果您没有收到详细的日志消息，则可以修改工作流程以输出其他日志语句。有关更多信息，请参阅 HealthOmics 使用 CloudWatch 日志进行监控。

我在哪里可以找到引擎日志？

HealthOmics 近乎实时 CloudWatch 地将所有运行（成功和失败）的引擎日志发布到。运行完成后，引擎日志也会传输到您的 Amazon S3 存储桶。有关更多信息，请参阅HealthOmics 使用 CloudWatch 日志进行监控和登录 Amazon S3。

如何减小工作流程的输入参数大小？

您最多可以为工作流程指定 50 KB 的输入参数。您可以使用目录导入或样本表来保持在此大小限制范围内。有关更多信息，请参阅 管理运行参数大小。

为什么我的跑步没有完成？

如果你的代码出现问题并且进程没有正常退出，你的运行可能会变得无响应或 “卡住”。有关如何防止和捕获无响应运行的更多信息，请参阅无响应跑步指南。

排除呼叫缓存问题

以下主题可以帮助您解决呼叫缓存中遇到的问题。

为什么我的跑步没有保存到缓存中？

  1. 通过检查 GetRun API 操作响应中的 CacheID 字段，验证运行是否配置为使用缓存。使用 CLI 运行以下命令：aws omics get-run —id <run_id>。

  2. 如果运行成功，请验证 GetRun 响应中返回的缓存行为为 CACHE_ALWAYS。如果将缓存行为设置为 CACHE_ON_FAILURE，则运行仅在运行失败时才会保存到缓存中。

为什么任务不使用缓存条目？

<cache_id><cache_uuid>在/aws/omics/WorkflowLog CloudWatch 日志组中，打开运行缓存的日志流：runCache//。

  1. 验证之前的运行是否为预期缓存的任务创建了缓存条目。保存到缓存中的运行记录将使用 CACHE_ENTRY_CREATED 的日志消息进行记录。

  2. 找到任务的 CACHE_MISS 日志，然后运行已完成的任务。如果没有日志条目，请检查运行是否配置为使用缓存。

  3. 如果创建了缓存条目，请验证这两个任务的 CPU、内存、GPU 和容器摘要是否相同。创建缓存条目的任务的任务 ARN 位于日志消息中。

  4. 如果两个任务的计算要求相匹配，请验证两个任务之间的输入没有变化。为此，请打开引擎日志。所有运行的引擎 CloudWatch 日志均可在日志组aws/omics//WorkflowLog 中找到。完成后，它们也可以在运行的输出目录中找到。

为什么禁用任务的呼叫缓存？

检查任务是否配置为使用工作流引擎功能选择退出缓存：

  • 对于 WDL 工作流程：检查任务在元部分true中是否将 volatile 设置为

  • 对于 Nextflow 工作流程：检查任务的缓存指令是否设置为 false

  • 对于 CWL 工作流程：检查任务是否已将该功能的 enableReuse 设置为 false WorkReuse

对数据存储进行故障排除

为什么 S3 在我的读取集上 GetObject 出现故障？

最常见的是，失败是由于缺少权限造成的。序列存储 S3 读取权限是一种双向配置，要求序列存储 S3 访问策略允许访问，并要求 IAM 委托人附加允许访问的策略。有关政策要求的更多详细信息，请参阅使用 Amazon S3 访问数据的权限 URIs。检查以下配置是否到位：

  • 序列存储 S3 访问策略已明确允许访问 IAM 委托人或委托人账户的根目录。

  • 检查 IAM 委托人是否有明确向正在访问的资源提供权限的政策。请注意，IAM 委托人策略在定义权限时必须使用接入点 ARN，而不是基于接入点别名的路径，并且 ARN 处于条件下，不用于指定资源。

  • 如果您的商店使用客户管理的密钥 (CMK-KMS)，请确保 IAM 委托人对该密钥拥有 kms: decrypt 权限。有关配置跨账户使用情况的信息，请参阅 KMS 跨账户访问指南。

如果您的策略使用基于标签的访问控制，请确保以下几点：

  • 确保序列存储已完成标签的同步。为此，商店的状态必须是active而不是不是updating。

  • 确保读取集和策略的标签密钥或键值中没有拼写错误。

为什么我在 Athena 中看不到我的注解商店或变体商店？

在 Lake Formation 中，请务必根据与您共享的商店创建资源链接。创建有访问权限的资源链接后，该商店应在 Athena 中可见。有关更多信息，请参阅 配置 Lake Formation 以供使用 HealthOmics。

为什么我无法访问我在 Athena 中的数据存储？

如果您的注释或变体存储可见，但收到一条错误消息，提示访问被拒绝，请检查您使用的是哪个查询引擎版本。仅支持使用引擎版本 3 运行的查询。要了解有关 Athena 查询引擎版本的更多信息，请参阅亚马逊 Athena 文档。

使用 Kiro CLI 进行故障排除

Kiro CLI 可以通过以下方式帮助简化故障排除流程：

  • 分析工作流程运行和调试任务失败

  • 收集相关的日志和错误消息

  • 创建附有所有必要调试日志的 AWS 支持案例

  • 从提交给支持部门的信息中删除个人身份信息 (PII) AWS

有关使用 Kiro CLI 进行故障排除和创建支持案例 AWS HealthOmics 的更多信息，请参阅上的 A HealthOmics gentic 生成式 AI 教程。 GitHub

警告

使用 Kiro CLI 时，请先查看所有生成的内容和提议的操作，然后再继续。提供反馈以提高响应质量并满足您的工作流程要求。有关更多信息，请参阅 Kiro 的安全注意事项和最佳实践。