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在中创建私有工作流程 HealthOmics
私有工作流程取决于您在创建工作流程之前创建和配置的各种资源:
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Workflow definition file:以WDL、Nextflow或写入的工作流定义文件CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范,包括计算和内存要求。工作流定义文件必须采用
.zip格式。有关更多信息,请参阅工作流程定义文件。-
您可以使用 Kiro CLI 在 WDL、Nextflow 和 CWL 中构建和验证您的工作流程定义文件。有关更多信息,请参阅 Kiro CLI 的示例提示和上的 A HealthOmics gentic 生成式 AI 教程。
GitHub
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(Optional) Parameter template file:写入的参数模板文件JSON。创建文件以定义运行参数,或为您 HealthOmics 生成参数模板。有关更多信息,请参阅 HealthOmics 工作流程的参数模板文件。
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Amazon ECR container images:为工作流程创建私有 Amazon ECR 存储库。在私有存储库中创建容器镜像,或将支持的上游注册表的内容与您的 Amazon ECR 私有存储库同步。
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(Optional) Sentieon licenses:申请在私人工作流程中使用该Sentieon软件的Sentieon许可证。
除了内置的 linter 之外,在创建工作流程之前,您还可以选择在工作流程定义上本地运行 linter。有关内置和可选外部 linter 的更多信息,请参阅工作流程提示器已输入 HealthOmics。