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在中创建私有工作流程 HealthOmics - AWS HealthOmics

本文属于机器翻译版本。若本译文内容与英语原文存在差异，则一律以英文原文为准。

在中创建私有工作流程 HealthOmics

您可以将自己的工作流程引入 AWS HealthOmics 作为 私人工作流程 并在上面运行您的研究或生产生物信息工作负载 HealthOmics。要实现这一目标，您需要准备工作流程定义并配置其所依赖的资源。

  • Workflow definition file: 写入的工作流定义文件 WDL， Nextflow，或 CWL。工作流定义为使用该工作流的运行指定输入和输出。它还包括工作流程的运行和运行任务规范，包括计算和内存要求。工作流定义文件必须在 .zip 格式。欲了解更多信息，请参阅 工作流程定义文件。

  • Container images: 如果您的工作流程需要来自公共注册表或您自己的存储库的容器镜像，则可以配置亚马逊弹性容器注册表 (Amazon ECR) 和 AWS Identity and Access Management (IAM) 运行权限。和 HealthOmics，你可以使用自己的私有容器和来自的容器镜像 Docker Hub，亚马逊 ECR Public， GitHub 容器注册表， GitLab 容器注册表， Google 工件或容器注册表， Kubernetes 容器注册表， Microsoft Azure 容器注册表， NVIDIA NGC， Quay，以及 Seqera Containers。有关支持的注册表的更多信息，请参阅 私有工作流程的容器镜像。

  • (Optional) Parameter template file: 写入的参数模板文件 JSON。创建文件以定义运行参数，或 HealthOmics 为您生成参数模板。欲了解更多信息，请参阅 的参数模板文件 HealthOmics 工作流。

  • (Optional) README file: 您可以使用自述文件将全面的文档、实施细节和图表直接附加到您的生物信息学工作流程和工作流程版本中。自述文件通过为关键工作流程文档提供集中位置来改善工作流程管理，从而实现研究团队之间更有效的知识共享。欲了解更多信息，请参阅 工作流程自述文件。

  • (Optional) Sentieon licenses: 申请 Sentieon 使用许可证 Sentieon 私人工作流程中的软件。

  • (Optional) Illumina DRAGEN: 跑 Illumina DRAGEN 软件模式作为私有工作流程中的一项任务。有关更多信息，请参阅 Illumina DRAGEN HealthOmics 私人工作流程。

您可以在开始运行之前发现工作流程中的问题，从而节省时间。 HealthOmics 提供两种资源来帮助发现工作流程定义中的问题。

  • 工作流程链接：整理工作流程定义，尽早发现错误和警告。 HealthOmics 包括在工作流程创建期间运行的内置 linter，您可以选择在创建工作流程之前在本地运行 linter。当内置 linter 发现问题时，结构化的 lint 结果会显示在 statusMessage 这样你就可以检查和修复它们。

  • 支持的语言规范和引擎版本: HealthOmics 支持以三种工作流语言编写的工作流程定义。每种语言都有自己的语法、功能和版本支持。

当您的工作流程定义和容器映像准备就绪后，使用控制台创建工作流程 AWS Command Line Interface （AWS CLI)，或者使用 AWS SDK。工作流程开始于 CREATING 并变成 ACTIVE 当它准备好时。在工作流程完成之后 ACTIVE，你可以开始跑步了。有关更多信息，请参阅 HealthOmics 工作流程操作。

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